| 1. Spieltag | 03.08.2013 | AS Nancy Lorraine | - | AJ Auxerre | 0:0 |  |
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| 2. Spieltag | 09.08.2013 | AJ Auxerre | - | Nîmes Olympique | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 23.08.2013 | AJ Auxerre | - | LB Châteauroux | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 30.08.2013 | FC Istres | - | AJ Auxerre | 1:1 |  |
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| 7. Spieltag | 21.09.2013 | Angers SCO | - | AJ Auxerre | 2:0 | |
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| 8. Spieltag | 24.09.2013 | AJ Auxerre | - | CA Bastia | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 27.09.2013 | Dijon FCO | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 18.10.2013 | AJ Auxerre | - | US Créteil-Lusitanos | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2013 | AJ Auxerre | - | Chamois Niortais | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 31.01.2014 | LB Châteauroux | - | AJ Auxerre | 2:0 | |
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| 23. Spieltag | 07.02.2014 | AJ Auxerre | - | FC Istres | 1:0 | |
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| 24. Spieltag | 15.02.2014 | Stade Brestois 29 | - | AJ Auxerre | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 28.02.2014 | CA Bastia | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 07.03.2014 | AJ Auxerre | - | Dijon FCO | 2:2 | ||||
| 28. Spieltag | 14.03.2014 | Stade Lavallois | - | AJ Auxerre | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 04.04.2014 | Tours FC | - | AJ Auxerre | 2:2 | ||||
| 32. Spieltag | 11.04.2014 | AJ Auxerre | - | Clermont Foot 63 | 0:2 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2014 | AJ Auxerre | - | Havre AC | 2:1 |
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