| 14. Spieltag | 19.05.2021 | FCI Levadia | - | FC Flora | 2:4 | ||||
| 15. Spieltag | 26.05.2021 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 29.05.2021 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 3:0 |  |
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| 1. Spieltag | 13.06.2021 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 21.06.2021 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 2. Spieltag | 25.06.2021 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | |
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| 18. Spieltag | 30.06.2021 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:3 |  |
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| 5. Spieltag | 31.07.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 29.08.2021 | FC Flora | - | Tallinna JK Legion | 5:1 | ||||
| 23. Spieltag | 12.09.2021 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 24. Spieltag | 19.09.2021 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 22.09.2021 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 5:2 | ||||
| 25. Spieltag | 26.09.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 03.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:0 | ||||
| 27. Spieltag | 17.10.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:1 | |
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| 13. Spieltag | 27.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 9:0 | ||||
| 21. Spieltag | 01.12.2021 | FCI Levadia | - | FC Flora | 1:5 |
Estland