| 20. Spieltag | 24.02.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Lugano II | 3:0 |  |
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| 21. Spieltag | 03.03.2024 | FC Biel/Bienne | - | FC Rapperswil-Jona | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 09.03.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Basel 1893 II | 3:0 |  |
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| 23. Spieltag | 16.03.2024 | FC Breitenrain Bern | - | FC Rapperswil-Jona | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 23.03.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Luzern II | 2:3 | ||||
| 25. Spieltag | 30.03.2024 | FC Zürich II | - | FC Rapperswil-Jona | 3:4 | ||||
| 26. Spieltag | 06.04.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | BSC Young Boys II | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 13.04.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | SC Kriens | 4:1 | |
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| 28. Spieltag | 17.04.2024 | FC St. Gallen II | - | FC Rapperswil-Jona | 3:4 | ||||
| 29. Spieltag | 20.04.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Paradiso | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 27.04.2024 | FC Bulle | - | FC Rapperswil-Jona | 0:1 | ||||
| 31. Spieltag | 04.05.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Bavois | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 08.05.2024 | SC Cham | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 18.05.2024 | FC Rapperswil-Jona | - | Etoile Carouge FC | 3:1 | ||||
| 34. Spieltag | 25.05.2024 | SR Delémont | - | FC Rapperswil-Jona | 2:4 |
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