| 3. Spieltag | 10.09.2016 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:3 |  |
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| 5. Spieltag | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 |  |
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| 7. Spieltag | 16.10.2016 | Panathinaikos | - | Xanthi FC | 1:2 | |
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| 8. Spieltag | 24.10.2016 | Veria FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 30.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 06.11.2016 | Olympiakos Piraeus | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 12. Spieltag | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 04.12.2016 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 1:0 |
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