| 9. Spieltag | 16.09.2012 | Borussia Dortmund II | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 25.09.2012 | Borussia Dortmund II | - | SV Babelsberg 03 | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 29.09.2012 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 20.10.2012 | SV Darmstadt 98 | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 27.10.2012 | Borussia Dortmund II | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 17.11.2012 | Hallescher FC | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 24.11.2012 | Borussia Dortmund II | - | VfB Stuttgart II | 0:2 |  |
|||
| 22. Spieltag | 30.01.2013 | Borussia Dortmund II | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 16.02.2013 | Karlsruher SC | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | |
|||
| 31. Spieltag | 30.03.2013 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 0:0 | |
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| 32. Spieltag | 06.04.2013 | Chemnitzer FC | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 09.04.2013 | Stuttgarter Kickers | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | |
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| 25. Spieltag | 17.04.2013 | Borussia Dortmund II | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2013 | Hansa Rostock | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | |
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