| 17. Spieltag | 24.02.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VfB Auerbach | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 17.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Zwickau | 2:1 |  |
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| 21. Spieltag | 24.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Sachsen Leipzig | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 28.04.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FV Dresden-Nord | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 06.05.2007 | Germania Halberstadt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 |  |
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| 28. Spieltag | 16.05.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Rot-Weiß Erfurt II | 2:2 | ||||
| 29. Spieltag | 20.05.2007 | Energie Cottbus II | - | FC Carl Zeiss Jena II | 3:2 | ||||
| 30. Spieltag | 27.05.2007 | FC Carl Zeiss Jena II | - | ZFC Meuselwitz | 2:2 | |
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