| 4. Spieltag | 18.09.2016 | Panathinaikos | - | PAS Giannina | 4:0 |  |
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| 5. Spieltag | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 02.10.2016 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 06.11.2016 | Olympiakos Piraeus | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 13. Spieltag | 04.12.2016 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 1:0 | |
|||
| 14. Spieltag | 11.12.2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 18.12.2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 04.02.2017 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 12.02.2017 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 | ||||
| 21. Spieltag | 18.02.2017 | Asteras Tripolis | - | Panathinaikos | 0:5 | ||||
| 22. Spieltag | 25.02.2017 | Xanthi FC | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 04.03.2017 | Panathinaikos | - | Veria FC | 5:0 | ||||
| 24. Spieltag | 11.03.2017 | AEP Iraklis FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 19.03.2017 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2017 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 2:3 | ||||
| 27. Spieltag | 06.04.2017 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2017 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:0 |
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