| 1. Spieltag | 31.07.2016 | Preußen Münster | - | VfL Osnabrück | 0:1 | ||||
| 2. Spieltag | 07.08.2016 | VfL Osnabrück | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 10.08.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2016 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 |  |
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| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Chemnitzer FC | - | VfL Osnabrück | 3:0 | ||||
| 11. Spieltag | 15.10.2016 | Hansa Rostock | - | VfL Osnabrück | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | VfL Osnabrück | - | SG Sonnenhof Großaspach | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Hallescher FC | - | VfL Osnabrück | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | VfL Osnabrück | - | FSV Frankfurt | 1:1 |  |
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| 15. Spieltag | 18.11.2016 | VfR Aalen | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 26.11.2016 | VfL Osnabrück | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 03.12.2016 | Fortuna Köln | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 17.12.2016 | SC Paderborn 07 | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 24.02.2017 | VfL Osnabrück | - | Werder Bremen II | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 04.03.2017 | SV Wehen Wiesbaden | - | VfL Osnabrück | 2:1 |
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