| 19. Spieltag | 21.02.2021 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.2021 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 03.03.2021 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 07.03.2021 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 14.03.2021 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 20.03.2021 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 1:6 |  |
|||
| 25. Spieltag | 04.04.2021 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 11.04.2021 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | ||||
| 27. Spieltag | 14.04.2021 | KF Shkëndija 79 | - | FK AP Brera Strumica | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 18.04.2021 | FK Belasica | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | |
|||
| 29. Spieltag | 25.04.2021 | KF Shkëndija 79 | - | FK Borec | 3:1 | |
|||
| 30. Spieltag | 28.04.2021 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 3:5 | |
|||
| 31. Spieltag | 01.05.2021 | KF Shkëndija 79 | - | FC Struga | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 09.05.2021 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 3:4 | ||||
| 33. Spieltag | 16.05.2021 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 1:1 |
Albanien