| 1. Spieltag | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 29.07.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 |  |
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| 4. Spieltag | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |  |
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| 5. Spieltag | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 |  |
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| 10. Spieltag | 20.09.2009 | Eintracht Braunschweig | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 26.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 2:2 | |
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| 12. Spieltag | 03.10.2009 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:0 |
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