| 1. Spieltag | 29.09.2019 | Apollon Pontou | - | PAE Chania | 0:4 |  |
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| 3. Spieltag | 03.11.2019 | Platanias Chanion | - | PAE Chania | 1:1 |  |
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| 4. Spieltag | 08.11.2019 | PAE Chania | - | PAS Giannina | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 16.12.2019 | PAE Chania | - | Levadiakos | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 23.12.2019 | Ergotelis | - | PAE Chania | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 06.01.2020 | PAE Chania | - | Doxa Dramas FC | 2:1 | |
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| 14. Spieltag | 24.01.2020 | PAE Chania | - | Platanias Chanion | 3:0 | |
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| 15. Spieltag | 02.02.2020 | PAS Giannina | - | PAE Chania | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 07.02.2020 | PAE Chania | - | AO Kerkyra | 4:0 | |
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| 17. Spieltag | 16.02.2020 | PAE Chania | - | AE Karaiskakis | 5:1 | |
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| 18. Spieltag | 23.02.2020 | Apollon Lárissa | - | PAE Chania | 0:1 | |
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| 20. Spieltag | 08.03.2020 | Levadiakos | - | PAE Chania | 0:0 |
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