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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Spartak Trnava | 9 | 7 | 0 | 2 | 16:7 | 9 | 21 |
| 2 |
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FC DAC 1904 | 10 | 4 | 4 | 2 | 12:11 | 1 | 16 |
| 3 |
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AS Trenčín | 9 | 4 | 3 | 2 | 26:15 | 11 | 15 |
| 4 |
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MFK Ružomberok | 9 | 3 | 4 | 2 | 13:9 | 4 | 13 |
| 5 |
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FC Nitra | 9 | 2 | 4 | 3 | 10:9 | 1 | 10 |
| 6 |
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Slovan Bratislava | 8 | 2 | 3 | 3 | 16:14 | 2 | 9 |
| 7 |
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MŠK Žilina | 8 | 3 | 0 | 5 | 11:14 | -3 | 9 |
| 8 |
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MFK Zemplín Michalovce | 9 | 2 | 1 | 6 | 6:11 | -5 | 7 |
| 9 |
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1. FC Tatran Prešov | 9 | 2 | 1 | 6 | 8:17 | -9 | 7 |
| 10 |
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Zlaté Moravce | 9 | 1 | 2 | 6 | 4:13 | -9 | 5 |
| 11 |
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FK Senica | 10 | 0 | 3 | 7 | 7:26 | -19 | 3 |
| 12 |
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Železiarne Podbrezová | 9 | 0 | 1 | 8 | 3:16 | -13 | 1 |
| Playoffs | |
| Relegation |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. In der Saison 2017/2018 sollte eigentlich VSS Košic nachrücken, ging aber ebenfalls pleite. Daher tritt nun der FC Nitra an. |
