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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 10 | 8 | 1 | 1 | 27:9 | 18 | 25 |
| 2 |
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Slovan Bratislava | 10 | 6 | 4 | 0 | 20:11 | 9 | 22 |
| 3 |
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Zlaté Moravce | 9 | 6 | 1 | 2 | 19:10 | 9 | 19 |
| 4 |
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Spartak Trnava | 9 | 6 | 1 | 2 | 12:8 | 4 | 19 |
| 5 |
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MFK Ružomberok | 9 | 5 | 3 | 1 | 18:9 | 9 | 18 |
| 6 |
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FC Nitra | 9 | 5 | 3 | 1 | 8:2 | 6 | 18 |
| 7 |
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FC DAC 1904 | 8 | 4 | 3 | 1 | 10:6 | 4 | 15 |
| 8 |
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MFK Zemplín Michalovce | 9 | 3 | 3 | 3 | 9:10 | -1 | 12 |
| 9 |
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AS Trenčín | 9 | 3 | 2 | 4 | 16:13 | 3 | 11 |
| 10 |
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Železiarne Podbrezová | 9 | 3 | 1 | 5 | 10:20 | -10 | 10 |
| 11 |
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FK Senica | 8 | 2 | 1 | 5 | 8:12 | -4 | 7 |
| 12 |
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1. FC Tatran Prešov | 9 | 1 | 3 | 5 | 5:22 | -17 | 6 |
| Playoffs | |
| Relegation |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. In der Saison 2017/2018 sollte eigentlich VSS Košic nachrücken, ging aber ebenfalls pleite. Daher tritt nun der FC Nitra an. |
