| 3. Spieltag | 30.08.2003 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 4:1 | ||||
| 4. Spieltag | 07.09.2003 | Oita Trinita | - | FC Tokyo | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 13.09.2003 | FC Tokyo | - | JEF United Ichihara | 2:2 | ||||
| 6. Spieltag | 20.09.2003 | Vegalta Sendai | - | FC Tokyo | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 23.09.2003 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 27.09.2003 | Kyoto Purple Sanga | - | FC Tokyo | 1:1 |  |
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| 9. Spieltag | 04.10.2003 | FC Tokyo | - | Kashima Antlers | 5:1 | |
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| 10. Spieltag | 18.10.2003 | FC Tokyo | - | Urawa Red Diamonds | 1:1 | |
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| 12. Spieltag | 09.11.2003 | FC Tokyo | - | Vissel Kobe | 4:1 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2003 | Gamba Osaka | - | FC Tokyo | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 22.11.2003 | FC Tokyo | - | Tokyo Verdy | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 29.11.2003 | Kashiwa Reysol | - | FC Tokyo | 2:4 | |
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