| 14. Spieltag | 20.07.2008 | CSKA Moskva | - | FK Moskva | 0:2 |  |
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| 15. Spieltag | 27.07.2008 | FK Moskva | - | Lokomotiv Moskva | 0:3 | ||||
| 16. Spieltag | 02.08.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Moskva | 2:1 |  |
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| 17. Spieltag | 09.08.2008 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 17.08.2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | |
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| 19. Spieltag | 24.08.2008 | FK Moskva | - | FK Amkar Perm | 0:1 | |
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| 20. Spieltag | 31.08.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Moskva | 1:1 | |
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| 21. Spieltag | 13.09.2008 | FK Moskva | - | Spartak Moskva | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 21.09.2008 | FK Moskva | - | Spartak Nalchik | 1:3 | ||||
| 23. Spieltag | 28.09.2008 | Rubin Kazan | - | FK Moskva | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 05.10.2008 | FK Moskva | - | Shinnik Yaroslavl | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 19.10.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 26.10.2008 | FK Moskva | - | FK Saturn | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 10.11.2008 | FK Moskva | - | CSKA Moskva | 1:4 | ||||
| 29. Spieltag | 16.11.2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Moskva | 3:2 | ||||
| 30. Spieltag | 22.11.2008 | FK Moskva | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:0 |
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