| 1. Spieltag | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 2. Spieltag | 08.08.2016 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 4:0 | ||||
| 3. Spieltag | 13.08.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 21.08.2016 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 |  |
|||
| 7. Spieltag | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 20.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Ural | 3:0 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 | |
|||
| 16. Spieltag | 01.12.2016 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 2:1 | |
|||
| 26. Spieltag | 01.05.2017 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | |
|||
| 28. Spieltag | 13.05.2017 | FK Ural | - | FK Krasnodar | 1:1 |
Russland