| 21. Spieltag | 26.02.2006 | FC Schaffhausen | - | FC Aarau | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 12.03.2006 | FC Schaffhausen | - | Neuchâtel Xamax FC | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2006 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 22.03.2006 | FC Schaffhausen | - | BSC Young Boys | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 06.04.2006 | FC Zürich | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 12.04.2006 | BSC Young Boys | - | FC Schaffhausen | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 20.04.2006 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:3 | ||||
| 33. Spieltag | 29.04.2006 | FC Schaffhausen | - | Yverdon Sport FC | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 03.05.2006 | FC Aarau | - | FC Schaffhausen | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 06.05.2006 | FC Schaffhausen | - | FC Basel 1893 | 0:4 |
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