| 22. Spieltag | 06.08.2016 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:1 |  |
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| 24. Spieltag | 16.08.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 25. Spieltag | 19.08.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 26. Spieltag | 23.08.2016 | FC Flora | - | FC Infonet | 3:0 | |
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| 27. Spieltag | 27.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:3 | ||||
| 28. Spieltag | 10.09.2016 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 13.09.2016 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 16.09.2016 | JK Tammeka | - | FC Flora | 3:2 | |
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| 31. Spieltag | 23.09.2016 | FC Flora | - | Rakvere JK Tarvas | 4:0 | |
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| 32. Spieltag | 01.10.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Flora | 1:6 | |
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| 33. Spieltag | 15.10.2016 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 34. Spieltag | 22.10.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 4:0 |
Estland