| 1. Spieltag | 02.03.2013 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 2:3 |  |
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| 2. Spieltag | 09.03.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Kuressaare | 2:1 | |
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| 3. Spieltag | 16.03.2013 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | |
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| 4. Spieltag | 30.03.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 1:0 | |
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| 6. Spieltag | 13.04.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 4:0 | |
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| 7. Spieltag | 20.04.2013 | JK Tallinna Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 1:3 | |
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| 12. Spieltag | 21.05.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 2:0 | |
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| 27. Spieltag | 14.09.2013 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 0:4 | |
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| 29. Spieltag | 21.09.2013 | FC Kuressaare | - | JK Nõmme Kalju | 0:4 | |
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| 30. Spieltag | 28.09.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 1:0 | |
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| 32. Spieltag | 05.10.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:2 | |
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| 35. Spieltag | 02.11.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Infonet | 5:0 | |
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