| 17. Spieltag | 26.04.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Infonet | 2:1 | ||||
| 10. Spieltag | 30.04.2016 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 |  |
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| 11. Spieltag | 07.05.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 2:0 |  |
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| 15. Spieltag | 10.05.2016 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 14.05.2016 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 24.05.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 19.06.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 10.07.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:6 | |
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| 20. Spieltag | 24.07.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Pärnu Linnameeskond | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 07.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 17.09.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 1:5 | ||||
| 32. Spieltag | 01.10.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 3:1 | ||||
| 33. Spieltag | 15.10.2016 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | |
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| 34. Spieltag | 22.10.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Rakvere JK Tarvas | 2:0 | |
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| 21. Spieltag | 25.10.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 |
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