| 2. Spieltag | 21.03.2009 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 4. Spieltag | 10.04.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 19.04.2009 | FK Khimki | - | CSKA Moskva | 0:3 | ||||
| 6. Spieltag | 25.04.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 4:2 |  |
|||
| 7. Spieltag | 03.05.2009 | FK Khimki | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:2 | ||||
| 17. Spieltag | 09.08.2009 | FK Rostov | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 16.08.2009 | FK Khimki | - | Krylia Sovetov | 1:3 | ||||
| 20. Spieltag | 30.08.2009 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg | 0:4 | ||||
| 21. Spieltag | 12.09.2009 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Khimki | 2:1 | ||||
| 23. Spieltag | 26.09.2009 | FK Moskva | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 03.10.2009 | FK Khimki | - | Terek Grozny | 1:2 | ||||
| 25. Spieltag | 17.10.2009 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:1 |  |
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| 27. Spieltag | 30.10.2009 | FK Saturn | - | FK Khimki | 1:0 | |
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| 28. Spieltag | 07.11.2009 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:3 | ||||
| 30. Spieltag | 29.11.2009 | FK Khimki | - | Lokomotiv Moskva | 1:3 | |
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