| Gruppe G | 20.09.2012 | Sporting CP | - | FC Basel 1893 | 0:0 | ||||
| Gruppe G | 04.10.2012 | FC Basel 1893 | - | KRC Genk | 2:2 | ||||
| Gruppe G | 08.11.2012 | FC Basel 1893 | - | Videoton FC | 1:0 | ||||
| Gruppe G | 22.11.2012 | FC Basel 1893 | - | Sporting CP | 3:0 | ||||
| 2. Runde | 14.02.2013 | FC Basel 1893 | - | Dnipro Dnipropetrovsk | 2:0 | ||||
| 2. Runde | 21.02.2013 | Dnipro Dnipropetrovsk | - | FC Basel 1893 | 1:1 | ||||
| Achtelfinale | 07.03.2013 | FC Basel 1893 | - | Zenit St. Petersburg | 2:0 | ||||
| Viertelfinale | 04.04.2013 | Tottenham Hotspur | - | FC Basel 1893 | 2:2 | ||||
| Halbfinale | 25.04.2013 | FC Basel 1893 | - | Chelsea FC | 1:2 | ||||
| Halbfinale | 02.05.2013 | Chelsea FC | - | FC Basel 1893 | 3:1 |
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