| 26. Spieltag | 17.02.2013 | Hércules CF | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 24.02.2013 | Villarreal CF | - | UD Las Palmas | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 03.03.2013 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 0:2 |  |
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| 29. Spieltag | 10.03.2013 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 16.03.2013 | SD Huesca | - | Villarreal CF | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 31.03.2013 | CD Mirandés | - | Villarreal CF | 1:5 | ||||
| 33. Spieltag | 07.04.2013 | Villarreal CF | - | CD Numancia | 6:1 | ||||
| 34. Spieltag | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 37. Spieltag | 05.05.2013 | Villarreal CF | - | Elche CF | 2:3 | ||||
| 38. Spieltag | 12.05.2013 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF | 1:3 | |
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| 39. Spieltag | 18.05.2013 | Villarreal CF | - | Girona FC | 4:1 | |
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| 40. Spieltag | 27.05.2013 | Villarreal CF | - | Xerez CD | 3:2 |
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