| 15. Spieltag | 21.11.2009 | Hallescher FC | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 |  |
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| 23. Spieltag | 05.03.2010 | SV Babelsberg 03 | - | ZFC Meuselwitz | 3:0 | ||||
| 22. Spieltag | 09.03.2010 | TeBe Berlin | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | |
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| 28. Spieltag | 09.04.2010 | VFC Plauen | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 16.04.2010 | SV Babelsberg 03 | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 21.04.2010 | SV Babelsberg 03 | - | Chemnitzer FC | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 24.04.2010 | SV Babelsberg 03 | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 02.05.2010 | Hannover 96 II | - | SV Babelsberg 03 | 1:2 | ||||
| 32. Spieltag | 09.05.2010 | SV Babelsberg 03 | - | Hallescher FC | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 22.05.2010 | Goslarer SC | - | SV Babelsberg 03 | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 29.05.2010 | SV Babelsberg 03 | - | FC St. Pauli II | 4:1 |
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