| 1. Spieltag | 07.08.2013 | TSG Neustrelitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 11.08.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | VFC Plauen | 4:2 |  |
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| 4. Spieltag | 24.08.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Viktoria 1889 Berlin | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 14.09.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hertha BSC II | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 29.09.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Lok Leipzig | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 22.02.2014 | VFC Plauen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 02.03.2014 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Nordhausen | 1:2 | |
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| 19. Spieltag | 09.03.2014 | FC Viktoria 1889 Berlin | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 |  |
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| 20. Spieltag | 16.03.2014 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Magdeburg | 1:4 | ||||
| 21. Spieltag | 22.03.2014 | Hertha BSC II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 30.03.2014 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Babelsberg 03 | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 06.04.2014 | 1. FC Lok Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:4 | |
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| 24. Spieltag | 12.04.2014 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Auerbach | 0:1 |
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