| 3. Spieltag | 21.06.2021 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:3 |  |
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| 17. Spieltag | 16.07.2021 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 5. Spieltag | 31.07.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 14.08.2021 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 19.09.2021 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 22.09.2021 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 5:2 | ||||
| 25. Spieltag | 26.09.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 03.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:0 | ||||
| 27. Spieltag | 17.10.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:1 |  |
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| 4. Spieltag | 24.10.2021 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 2:2 | |
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| 13. Spieltag | 27.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 9:0 | ||||
| 21. Spieltag | 01.12.2021 | FCI Levadia | - | FC Flora | 1:5 | |
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