| 25. Spieltag | 08.03.2017 | FK Neftekhimik | - | Zenit St. Petersburg 2 | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 12.03.2017 | Volgar Astrakhan | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:3 | |
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| 27. Spieltag | 18.03.2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Spartak Nalchik | 1:1 | |
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| 28. Spieltag | 26.03.2017 | Luch-Energiya Vladivostok | - | Zenit St. Petersburg 2 | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 08.04.2017 | FK Tosno | - | Zenit St. Petersburg 2 | 4:1 | ||||
| 32. Spieltag | 17.04.2017 | SKA-Khabarovsk | - | Zenit St. Petersburg 2 | 1:0 | |
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| 34. Spieltag | 29.04.2017 | Sibir Novosibirsk | - | Zenit St. Petersburg 2 | 1:1 | |
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| 35. Spieltag | 06.05.2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Mordovia Saransk | 3:1 |  |
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| 36. Spieltag | 10.05.2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | Zenit St. Petersburg 2 | 3:0 | ||||
| 37. Spieltag | 14.05.2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Fakel Voronezh | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | Sokol Saratov | - | Zenit St. Petersburg 2 | 0:3 | |
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