| 20. Spieltag | 19.02.2006 | FC Basel 1893 | - | FC Schaffhausen | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 26.02.2006 | FC Basel 1893 | - | Yverdon Sport FC | 2:1 |  |
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| 22. Spieltag | 04.03.2006 | FC Thun | - | FC Basel 1893 | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 19.03.2006 | FC St. Gallen | - | FC Basel 1893 | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 22.03.2006 | FC Basel 1893 | - | FC Aarau | 1:1 |  |
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| 30. Spieltag | 12.04.2006 | FC Aarau | - | FC Basel 1893 | 1:5 | ||||
| 26. Spieltag | 15.04.2006 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Basel 1893 | 1:5 | |
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| 31. Spieltag | 20.04.2006 | FC Basel 1893 | - | FC St. Gallen | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 23.04.2006 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Basel 1893 | 1:1 | ||||
| 36. Spieltag | 13.05.2006 | FC Basel 1893 | - | FC Zürich | 1:2 |
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