| 5. Spieltag | 26.08.2012 | Viktoria Plzeň | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 02.09.2012 | FK Mladá Boleslav | - | Vysočina Jihlava | 1:3 |  |
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| 16. Spieltag | 24.11.2012 | Dynamo České Budějovice | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 |  |
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| 17. Spieltag | 24.02.2013 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 03.03.2013 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | |
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| 23. Spieltag | 15.04.2013 | FK Mladá Boleslav | - | Baník Ostrava | 2:0 | ||||
| 26. Spieltag | 05.05.2013 | Zbrojovka Brno | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 12.05.2013 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 4:0 | ||||
| 30. Spieltag | 01.06.2013 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 0:4 |
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