| 1. Spieltag | 04.03.2017 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 10.03.2017 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 14.04.2017 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 7. Spieltag | 21.04.2017 | FC Infonet | - | FC Flora | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 25.04.2017 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:2 | ||||
| 9. Spieltag | 28.04.2017 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 0:2 |  |
|||
| 12. Spieltag | 19.05.2017 | FC Flora | - | FC Infonet | 3:0 | ||||
| 13. Spieltag | 23.05.2017 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 14. Spieltag | 29.05.2017 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:2 | ||||
| 16. Spieltag | 16.06.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:10 | |
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| 17. Spieltag | 19.06.2017 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 09.07.2017 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 31. Spieltag | 23.09.2017 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:2 |
Estland