| 3. Spieltag | 16.03.2024 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 2:1 | ||||
| 4. Spieltag | 31.03.2024 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 06.04.2024 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:3 |  |
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| 6. Spieltag | 14.04.2024 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 1:3 | |
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| 19. Spieltag | 17.04.2024 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:3 | ||||
| 7. Spieltag | 21.04.2024 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 27.04.2024 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 01.05.2024 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:3 |  |
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| 9. Spieltag | 05.05.2024 | FC Flora | - | FCI Levadia | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 11.05.2024 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 18.05.2024 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 28. Spieltag | 17.09.2024 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 25.09.2024 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 29.09.2024 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 05.10.2024 | Nõmme United | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 33. Spieltag | 23.10.2024 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 3:2 | |
|||
| 34. Spieltag | 26.10.2024 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 3:0 | ||||
| 36. Spieltag | 09.11.2024 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:1 |
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