| 18. Spieltag | 03.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 0:6 | ||||
| 21. Spieltag | 01.04.2017 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 3:0 |  |
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| 23. Spieltag | 16.04.2017 | FK Ural | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 23.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 25. Spieltag | 27.04.2017 | Anzhi Makhachkala | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | |
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| 26. Spieltag | 01.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 14.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 1:2 | |
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| 29. Spieltag | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 | ||||
| 30. Spieltag | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 |
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