| 1. Spieltag | 15.02.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Roasso Kumamoto | 3:2 |  |
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| 2. Spieltag | 23.02.2025 | Renofa Yamaguchi | - | V-Varen Nagasaki | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 01.03.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Júbilo Iwata | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 08.03.2025 | Vegalta Sendai | - | V-Varen Nagasaki | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 15.03.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Tokushima Vortis | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 23.03.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Blaublitz Akita | 5:1 | |
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| 7. Spieltag | 30.03.2025 | Fujieda MyFC | - | V-Varen Nagasaki | 3:2 |  |
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| 8. Spieltag | 06.04.2025 | FC Imabari | - | V-Varen Nagasaki | 4:1 | ||||
| 9. Spieltag | 13.04.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Sagan Tosu | 0:2 | ||||
| 10. Spieltag | 19.04.2025 | Ventforet Kofu | - | V-Varen Nagasaki | 1:1 | |
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| 11. Spieltag | 25.04.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Iwaki FC | 3:4 | ||||
| 12. Spieltag | 29.04.2025 | Hokkaido Consadole Sapporo | - | V-Varen Nagasaki | 2:2 | |
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