| 4. Spieltag | 04.04.2008 | FK Moskva | - | FK Khimki | 2:2 |  |
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| 6. Spieltag | 18.04.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 8. Spieltag | 03.05.2008 | FK Saturn | - | FK Khimki | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 07.05.2008 | FK Khimki | - | Terek Grozny | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 11.05.2008 | CSKA Moskva | - | FK Khimki | 4:3 | ||||
| 12. Spieltag | 05.07.2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 1:1 | |
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| 13. Spieltag | 13.07.2008 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg | 1:4 | ||||
| 14. Spieltag | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 |  |
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| 15. Spieltag | 25.07.2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.08.2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | |
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| 17. Spieltag | 09.08.2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 17.08.2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 25. Spieltag | 19.10.2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 25.10.2008 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | |
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| 30. Spieltag | 22.11.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 3:1 |
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