| 1. Spieltag | 30.07.2006 | NK Pula 1856 | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 05.08.2006 | NK Varteks | - | NK Međimurje | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 12.08.2006 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:2 | ||||
| 4. Spieltag | 19.08.2006 | NK Varteks | - | Kamen Ingrad | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2006 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 10.09.2006 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 16.09.2006 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 14.10.2006 | Dinamo Zagreb | - | NK Varteks | 4:1 |  |
|||
| 11. Spieltag | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 12. Spieltag | 28.10.2006 | NK Varteks | - | NK Pula 1856 | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 04.11.2006 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 5:1 | ||||
| 14. Spieltag | 08.11.2006 | NK Varteks | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 11.11.2006 | Kamen Ingrad | - | NK Varteks | 1:4 | ||||
| 16. Spieltag | 18.11.2006 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 02.12.2006 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 0:1 | |
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