| 2. Spieltag | 05.08.2016 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 0:1 |  |
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| 4. Spieltag | 13.08.2016 | FC Schalke 04 II | - | SG Wattenscheid 09 | 0:2 | ||||
| 5. Spieltag | 20.08.2016 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Schalke 04 II | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 27.08.2016 | FC Schalke 04 II | - | TSG Sprockhövel | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 17.09.2016 | Wuppertaler SV | - | FC Schalke 04 II | 0:2 |  |
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| 10. Spieltag | 24.09.2016 | FC Schalke 04 II | - | Viktoria Köln | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 02.10.2016 | Fortuna Düsseldorf II | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2016 | SV Rödinghausen | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 19.11.2016 | FC Schalke 04 II | - | Rot-Weiss Essen | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 26.11.2016 | FC Schalke 04 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 0:3 | ||||
| 19. Spieltag | 03.12.2016 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | |
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| 20. Spieltag | 11.12.2016 | FC Schalke 04 II | - | Sportfreunde Siegen | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 19.03.2017 | Bonner SC | - | FC Schalke 04 II | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 13.04.2017 | Rot-Weiss Essen | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2017 | FC Schalke 04 II | - | SV Rödinghausen | 1:1 |
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