| 2. Spieltag | 30.07.2012 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.08.2012 | FK Amkar Perm | - | FK Krasnodar | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 02.09.2012 | FK Krasnodar | - | CSKA Moskva | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 21.09.2012 | FK Krasnodar | - | Mordovia Saransk | 6:1 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2012 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 2:2 | ||||
| 11. Spieltag | 07.10.2012 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 0:2 | ||||
| 15. Spieltag | 11.11.2012 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 19.11.2012 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 24.11.2012 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 3:2 |  |
|||
| 18. Spieltag | 30.11.2012 | FK Krasnodar | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 07.12.2012 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 2:3 |
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