| 1. Spieltag | 05.03.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 08.03.2016 | FC Levadia | - | Pärnu Linnameeskond | 1:0 |  |
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| 3. Spieltag | 12.03.2016 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:1 |  |
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| 4. Spieltag | 18.03.2016 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 02.04.2016 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | |
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| 6. Spieltag | 05.04.2016 | FC Levadia | - | Rakvere JK Tarvas | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 09.04.2016 | FC Levadia | - | FC Infonet | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 16.04.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 0:2 | |
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| 9. Spieltag | 22.04.2016 | FC Levadia | - | JK Tammeka | 1:1 | |
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| 17. Spieltag | 26.04.2016 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 17.05.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Levadia | 0:4 | ||||
| 14. Spieltag | 24.05.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 0:1 | ||||
| 18. Spieltag | 10.07.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Levadia | 1:0 |
Estland