| 25. Spieltag | 30.09.2006 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 1:4 |  |
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| 26. Spieltag | 07.10.2006 | Nagoya Grampus Eight | - | FC Tokyo | 1:2 |  |
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| 27. Spieltag | 15.10.2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | FC Tokyo | 5:2 | ||||
| 28. Spieltag | 22.10.2006 | FC Tokyo | - | Gamba Osaka | 3:2 | ||||
| 30. Spieltag | 11.11.2006 | FC Tokyo | - | Kawasaki Frontale | 5:4 | |
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| 31. Spieltag | 18.11.2006 | Júbilo Iwata | - | FC Tokyo | 4:1 | ||||
| 32. Spieltag | 23.11.2006 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 |
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