| 6. Spieltag | 11.04.2021 | Tallinna JK Legion | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 17.04.2021 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 5:0 | ||||
| 8. Spieltag | 20.04.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 3:3 | ||||
| 9. Spieltag | 25.04.2021 | FC Flora | - | FCI Levadia | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 05.05.2021 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 08.05.2021 | FC Flora | - | Tallinna JK Legion | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 26.05.2021 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 29.05.2021 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 3:0 |  |
|||
| 1. Spieltag | 13.06.2021 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 25.06.2021 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 16.07.2021 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 5. Spieltag | 31.07.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 14.08.2021 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 26.09.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 03.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:0 | |
|||
| 4. Spieltag | 24.10.2021 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 2:2 |
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