| 1. Spieltag | 02.03.2013 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 2:3 |  |
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| 8. Spieltag | 27.04.2013 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 10. Spieltag | 10.05.2013 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | |
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| 14. Spieltag | 31.05.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 4:3 | |
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| 18. Spieltag | 13.07.2013 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 1:0 | |
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| 19. Spieltag | 20.07.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 3:0 | |
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| 20. Spieltag | 27.07.2013 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | |
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| 27. Spieltag | 14.09.2013 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 0:4 | |
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| 33. Spieltag | 19.10.2013 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:2 | |
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| 34. Spieltag | 26.10.2013 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 4:2 | |
Estland