| 1. Spieltag | 01.03.2025 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 08.03.2025 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 29.03.2025 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 5:0 | ||||
| 7. Spieltag | 12.04.2025 | FCI Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 18.04.2025 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 22.04.2025 | FC Flora | - | Harju JK | 4:1 |  |
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| 10. Spieltag | 27.04.2025 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:3 | |
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| 11. Spieltag | 02.05.2025 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 09.05.2025 | Harju JK | - | FC Flora | 0:3 |  |
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| 13. Spieltag | 18.05.2025 | FC Flora | - | FCI Levadia | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 27.05.2025 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 15. Spieltag | 30.05.2025 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:1 | |
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