| 1. Spieltag | 16.07.2013 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 20.07.2013 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 27.07.2013 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 24.08.2013 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 01.09.2013 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 15.09.2013 | FK Tom Tomsk | - | Anzhi Makhachkala | 2:2 |  |
|||
| 9. Spieltag | 22.09.2013 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 26.09.2013 | FK Tom Tomsk | - | Volga Nizhniy Novgorod | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 06.10.2013 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:3 | ||||
| 14. Spieltag | 26.10.2013 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 02.11.2013 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |
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