| 7. Spieltag | 02.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 12.07.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 | ||||
| 15. Spieltag | 25.07.2009 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 01.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 2:3 | ||||
| 17. Spieltag | 09.08.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 0:2 |  |
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| 18. Spieltag | 16.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:0 | |
|||
| 19. Spieltag | 22.08.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | |
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| 22. Spieltag | 20.09.2009 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 27.09.2009 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 5:0 |
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