| 10. Spieltag | 28.04.2012 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 |  |
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| 12. Spieltag | 12.05.2012 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:5 | |
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| 13. Spieltag | 19.05.2012 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:0 | |
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| 16. Spieltag | 16.06.2012 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:2 | |
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| 17. Spieltag | 26.06.2012 | FC Flora | - | FC Viljandi | 5:0 | |
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| 23. Spieltag | 11.08.2012 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 2:0 | |
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| 24. Spieltag | 20.08.2012 | FC Levadia | - | FC Flora | 5:4 | |
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| 25. Spieltag | 25.08.2012 | FC Flora | - | JK Tammeka | 5:1 | |
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| 32. Spieltag | 02.10.2012 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 0:2 | |
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| 34. Spieltag | 20.10.2012 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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