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| H | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 3:1 (1:1) | ||
| R | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:1 (0:1) | ||
| H: 02.04.2013 16:00 | R: 10.04.2013 18:00 | Sieger: FK Mladá Boleslav | ||||
| H | FK Baumit Jablonec | - | Viktoria Plzeň | 2:1 (0:1) | ||
| R | Viktoria Plzeň | - | FK Baumit Jablonec | 3:4 (0:2) | ||
| H: 03.04.2013 16:30 | R: 10.04.2013 18:00 | Sieger: FK Baumit Jablonec | ||||
| H | Slovan Liberec | - | FK Teplice | 2:0 (2:0) | ||
| R | FK Teplice | - | Slovan Liberec | 2:2 (1:1) | ||
| H: 03.04.2013 18:00 | R: 16.04.2013 17:30 | Sieger: Slovan Liberec | ||||
| H | Sigma Olomouc | - | AC Sparta Praha | 2:4 (0:0) | ||
| R | AC Sparta Praha | - | Sigma Olomouc | 4:2 (1:0) | ||
| H: 03.04.2013 18:00 | R: 16.04.2013 20:15 | Sieger: AC Sparta Praha | ||||
