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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Zalgiris | 11 | 9 | 2 | 0 | 39:4 | 35 | 29 |
| 2 |
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FBK Kaunas | 11 | 9 | 2 | 0 | 31:3 | 28 | 29 |
| 3 |
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FK Kareda Siauliai | 11 | 8 | 3 | 0 | 37:5 | 32 | 27 |
| 4 |
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FK Ekranas | 11 | 6 | 2 | 3 | 24:8 | 16 | 20 |
| 5 |
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FK Atlantas | 12 | 5 | 2 | 5 | 18:16 | 2 | 17 |
| 6 |
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FK Nevėžis | 11 | 5 | 0 | 6 | 10:20 | -10 | 15 |
| 7 |
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Inkaras Kaunas | 11 | 4 | 2 | 5 | 11:12 | -1 | 14 |
| 8 |
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FK Banga Gargždai | 11 | 3 | 3 | 5 | 7:13 | -6 | 12 |
| 9 |
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FK Dainava Alytus | 11 | 4 | 0 | 7 | 12:30 | -18 | 12 |
| 10 |
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Kauno Jegeriai | 11 | 3 | 2 | 6 | 7:23 | -16 | 11 |
| 11 |
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Lokomotyvas Kaunas | 11 | 3 | 0 | 8 | 7:17 | -10 | 9 |
| 12 |
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FK Žalgiris B | 11 | 3 | 0 | 8 | 7:27 | -20 | 9 |
| 13 |
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Mastis Telšiai | 11 | 1 | 0 | 10 | 3:35 | -32 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
