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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 14 | 8 | 3 | 3 | 24:12 | 12 | 27 |
| 2 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 14 | 6 | 4 | 4 | 14:11 | 3 | 22 |
| 3 |
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Spartak Trnava | 13 | 5 | 5 | 3 | 15:19 | -4 | 20 |
| 4 |
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Slovan Bratislava | 13 | 6 | 1 | 6 | 20:15 | 5 | 19 |
| 5 |
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FC DAC 1904 | 13 | 3 | 5 | 5 | 16:16 | 0 | 14 |
| 6 |
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AS Trenčín | 15 | 4 | 2 | 9 | 18:31 | -13 | 14 |
| 7 |
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MFK Ružomberok | 13 | 3 | 3 | 7 | 17:23 | -6 | 12 |
| 8 |
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FK Senica | 15 | 3 | 3 | 9 | 13:21 | -8 | 12 |
| 9 |
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MFK Zemplín Michalovce | 16 | 3 | 2 | 11 | 17:37 | -20 | 11 |
| 10 |
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Zlaté Moravce | 15 | 1 | 4 | 10 | 12:31 | -19 | 7 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 14 | 0 | 5 | 9 | 6:35 | -29 | 5 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
