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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 10 | 5 | 3 | 2 | 19:9 | 10 | 18 |
| 2 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 10 | 5 | 2 | 3 | 9:6 | 3 | 17 |
| 3 |
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Spartak Trnava | 12 | 4 | 5 | 3 | 11:16 | -5 | 17 |
| 4 |
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Slovan Bratislava | 10 | 5 | 1 | 4 | 16:12 | 4 | 16 |
| 5 |
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AS Trenčín | 14 | 4 | 2 | 8 | 18:30 | -12 | 14 |
| 6 |
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FK Senica | 11 | 3 | 3 | 5 | 10:14 | -4 | 12 |
| 7 |
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MFK Ružomberok | 11 | 2 | 3 | 6 | 14:20 | -6 | 9 |
| 8 |
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FC DAC 1904 | 11 | 1 | 5 | 5 | 12:14 | -2 | 8 |
| 9 |
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Zlaté Moravce | 12 | 1 | 3 | 8 | 10:26 | -16 | 6 |
| 10 |
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MFK Zemplín Michalovce | 12 | 1 | 2 | 9 | 10:31 | -21 | 5 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 12 | 0 | 5 | 7 | 5:28 | -23 | 5 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
