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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 14 | 13 | 1 | 0 | 50:12 | 38 | 40 |
| 2 |
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Slovan Bratislava | 15 | 11 | 2 | 2 | 29:15 | 14 | 35 |
| 3 |
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MFK Ružomberok | 15 | 10 | 4 | 1 | 35:15 | 20 | 34 |
| 4 |
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AS Trenčín | 14 | 9 | 3 | 2 | 31:17 | 14 | 30 |
| 5 |
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FC DAC 1904 | 15 | 7 | 6 | 2 | 20:15 | 5 | 27 |
| 6 |
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FO ŽP Šport Podbrezová | 15 | 6 | 5 | 4 | 20:16 | 4 | 23 |
| 7 |
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Spartak Trnava | 15 | 6 | 2 | 7 | 16:16 | 0 | 20 |
| 8 |
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MFK Zemplín Michalovce | 13 | 5 | 3 | 5 | 17:15 | 2 | 18 |
| 9 |
|
FK Senica | 15 | 4 | 4 | 7 | 12:14 | -2 | 16 |
| 10 |
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Zlaté Moravce | 14 | 4 | 3 | 7 | 16:21 | -5 | 15 |
| 11 |
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1. FC Tatran Prešov | 15 | 3 | 5 | 7 | 11:24 | -13 | 14 |
| 12 |
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Spartak Myjava | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Abstieg |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. Die absolvierten Spiele wurden annulliert. |
